\(R^2\) 表示IV解释暴露的程度,它有时候很难直接获取
\[ R^2 = 2 * (1 - MAF) * MAF * \frac{\beta}{SD} \]
其中,
- \(MAF\) 就是次要等位基因频率(minor allele frequency)
- \(\beta\) 就是SNP对暴露的效应量(effect size)
- \(SD\) 是标准差(standard deviation)
这里 \(MAF\) 和 \(\beta\) 都可以直接获取,在计算 \(R^2\) 时它可以和效应等位基因频率(effect allele frequency,EAF)等价。
SD需要经过如下转换
\[ SD = SE * \sqrt{N} \]
其中,
- \(SE\) 就是 \(\beta\) 的标准误差,可以直接获取
- \(N\) 表示的是暴露的GWAS样本量。